Здесь находиться шаблон для добавления своего кода по умолчанию чтобы не нужно было постоянно вносить изменения в ручную

nano /usr/local/fastpanel2/templates/virtualhost/configuration/nginx.fpm.conf.tpl

и находим try_files $uri $uri/ /{{ .VirtualHost.GetFirstIndexPage }}?$args

if (!-e $request_filename) {
 rewrite ^/(.*)$ /index.php?q=</head> last;
}

location / {
        try_files $uri $uri/ /{{ .VirtualHost.GetFirstIndexPage }}?$args;
        if (!-e $request_filename) {
                rewrite ^/(.*)$ /index.php?q=</head> last;
        }
}