Чтобы PHPStorm не ругался на php-cgi sapi на удаленном сервере переустанавливаем xdebug

apt-get install php-xdebug

Добавить в конец файлов

nano /etc/php/7.1/fpm/php.ini
nano /etc/php/7.1/cli/php.ini

Этот код (путь к файлу zend_extension = /usr/lib/php/20160303/xdebug.so посмотрите здесь /usr/lib/php/)

zend_extension = /usr/lib/php/20160303/xdebug.so
xdebug.remote_enable = 1
xdebug.remote_connect_back=1
xdebug.remote_port = 9000
xdebug.scream=0
xdebug.show_local_vars=1
xdebug.idekey=PHPSTORM

Перезагружаем сервисы

    service php7.1-fpm restart
    service nginx restart

Настройки интерпретатор

Настройки PHPUnit

ссылка c описание

Проверяем работает ли xdebug

Настройка

Выбираем vagrant

Ставим в google chome приложение

xdebug-helper